Det pågående globale tapet av biologisk mangfold gjør det stadig mer nødvendig å raskt samle inn og analysere genetisk informasjon fra truede arter. I et samarbeidsprosjekt har Institutt for humangenetikk ved Bioscientia Institute for Medical Diagnostics GmbH i Ingelheim am Rhein og Hessian LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics (LOEWE-TBG) registrert og analysert hele genomet til en greyhound på under en uke – et gjennombrudd som kan ha en varig innvirkning på genomforskning innen arter og bevaring av biologisk mangfold.
Det pågående globale tapet av biologisk mangfold gjør det stadig mer nødvendig å raskt samle inn og analysere genetisk informasjon fra truede arter. I et samarbeidsprosjekt har Institutt for humangenetikk ved Bioscientia Institute for Medical Diagnostics GmbH i Ingelheim am Rhein og Hessian LOEWE Center for Translational Biodiversity Genomics (LOEWE-TBG) registrert og analysert hele genomet til en greyhound på under en uke – et gjennombrudd som kan ha en varig innvirkning på genomforskning innen arter og bevaring av biologisk mangfold . Studien ble publisert i tidsskriftet «GigaByte».
Analysen av greyhounde-genomet, som Bioscientia Institute og LOEWE Center TBG utførte i fellesskap, benyttet en ny teknologi: hele genomer sekvenseres svært presist og i lange seksjoner, såkalte «long reads». Ved å bruke greyhounde, et av de raskeste landdyrene, ble dette oppnådd på rekordtid. Dette er ikke bare en teknisk bragd, men ble også startet som et symbolsk prosjekt for å møte utfordringen med artsutryddelse.
«Vi demonstrerer at vi kan innhente og analysere fullstendig genominformasjon på bare noen få dager – ikke måneder», forklarer professor dr. Hanno Bolz, leder for humangenetikk ved Bioscientia. Dette innovative samarbeidet mellom Bioscientias humangenetikere og forskere ved LOEWE Center TBG setter en ny standard og gir et effektivt verktøy for forskning på biologisk mangfold.
Raske analyseresultater er stadig viktigere for bevaring av truede arter, ettersom tid nå er en avgjørende faktor gitt det raske tapet av biologisk mangfold. «Med prosjekter som disse kan vi raskt gjøre viktig genetisk informasjon om truede arter tilgjengelig. Dette hjelper oss ikke bare med å forstå deres evolusjonære tilpasninger, men også med å utvikle målrettede bevaringstiltak», rapporterer Dr. Carola Greve, laboratoriedirektør ved LOEWE Center TBG. I tillegg til greyhound-prosjektet vil en felles studie av de to forskningspartnerne om den truede hagesyvsoren snart bli publisert. En rekke andre felles sekvenseringsprosjekter er allerede i gang.
Ved Institutt for humangenetikk ved Bioscientia Institute analyserer rundt 100 eksperter tusenvis av genomer og proteinkodende regioner i genomer, kjent som eksomer, hvert år for å avklare årsakene til sjeldne genetiske sykdommer hos pasienter fra hele verden. Bioscientia er det første laboratoriet noensinne som bruker den innovative "long read"-genomsekvenseringen som brukes i Greyhound-studien i genetisk diagnostikk hos mennesker. Dette gjør det mulig å identifisere genetiske sykdommer hos mennesker mer effektivt, noe som også kan forbedre behandlingsalternativene betydelig.
Forskere ved LOEWE Center TBG, som ligger ved Senckenberg Society for Nature Research i Frankfurt am Main, sekvenserer genomene til mange ikke-menneskelige organismer, fra bakterier til hvaler. Denne informasjonen gir verdifull innsikt i – ofte truede – planter og dyr, samt innsikt i deres biologiske forhold, evolusjon og tilpasning til miljøforhold. Grunnforskning og anvendt forskning, inkludert bevaringsforvaltning, drar nytte av dette.
opprinnelige utgivelsen
Marcel Nebenführ, David Prochotta, Alexander Ben Hamadou, Axel Janke, Charlotte Gerheim, Christian Betz, Carola Greve, Hanno J. Bolz
"Helgenomsekvensering i høy hastighet av en Whippet: Rask kromosomnivåmontering og annotering av en ekstremt rask hunds genom"
https://doi.org/10.46471/gigabyte.134
Les også
BUND Westharz signerte kontroversiell avtale om gipsutvinning frem til 2014 i 2090 – Pugnalom
AI muliggjør bevaringsvurderinger for alle arter over hele verden – Pugnalom
Tilbakesporing: Rask genomanalyse av en greyhound setter en ny standard for forskning på artsvern - LabNews