Tokio – Forschende haben das Genom des Medaka-Fisches (Hd-rR-Stamm) vollständig sequenziert und die Genome der Stämme HNI und HSOK nahezu vervollständigt. In den zuvor lückenhaften repetitiven Regionen fanden sie Hinweise auf Chromosomenstabilität, mobiles DNA und Geschlechtsbestimmung. Die Ergebnisse erschienen in der Fachzeitschrift Genome Research (DOI: 10.1101/gr.281813.125).
Das Medaka-Genom umfasst rund 800 Megabasen. Frühere Assemblierungen enthielten etwa 1.000 Lücken, vor allem in Zentromeren, Telomeren, ribosomalen DNA-Arrays, Geschlechtschromosomen und dem riesigen mobilen Element Teratorn. Mit hochgenauen langen Reads (PacBio HiFi) und ultra-langen Nanopore-Sequenzen konnten diese Bereiche geschlossen werden.
Die zentromeren Satelliten-DNA erwies sich zwischen den Medaka-Stämmen als stärker konserviert als bei vielen anderen Eukaryoten – ein möglicher Faktor für stabile Kinetochor-Anhaftung. Teratorn, eine Fusion aus Herpesvirus-Genom und Transposon, bleibt im Genom erhalten und beeinflusst die Expression benachbarter Gene sowie die Flossenform. Die Geschlechtschromosomen behalten Genpaare weitgehend bei, außer in der Nähe der Y-spezifischen Region; dies unterscheidet sich vom Dreistachligen Stichling, dessen Y-Chromosom bereits seit etwa 26 Millionen Jahren divergiert.
Leitautor ist Yoshihiko Suzuki (Research Organization of Information and Systems). Beteiligt waren Teams der University of Tokyo, des National Institute of Genetics und weiterer japanischer Einrichtungen. Die Arbeit wurde unter anderem von der Japan Agency for Medical Research and Development und der JSPS gefördert. Als nächster Schritt sollen die neu identifizierten Regionen funktionell getestet werden, um zu klären, wie Sequenzunterschiede Merkmale bei Wirbeltieren prägen.
Credits
Yoshihiko Suzuki ROIS
